Γεννήθηκε στην Κωνσταντινούπολη και ήταν γιος του Κωνσταντίνου Υψηλάντη, δραγουμάνου του Τουρκικού στόλου και γόνου εύπορης και ισχυρής Φαναριώτικης οικογένειας. Αδελφός του ήταν ο Αλέξανδρος Υψηλάντης, ο αρχηγός της Φιλικής Εταιρείας. Στάλθηκε στην Γαλλία για να σπουδάσει σε στρατιωτικές σχολές και στη συνέχεια κατατάχθηκε στην αυτοκρατορική φρουρά του Τσάρου στην Πετρούπολη, φτάνοντας έως τον βαθμό του λοχαγού. Το 1818 μυήθηκε στην Φιλική Εταιρεία.
Με την έναρξη της επανάστασης ανέλαβε να αντιπροσωπεύσει τον αδελφό του, Αλέξανδρο Υψηλάντη, ως πληρεξούσιος του Γενικού επιτρόπου Αρχής στηνΠελοπόννησο.