Ο Πετράς άρχισε να κατοικείται από τα μέσα περίπου της 4ης χιλιετίας π.Χ. και μέχρι το 1100 π.Χ. Έχουν αποκαλυφθεί ένα μινωικό ανάκτορο, που περιείχε μάλιστα ένα ιερογλυφικό αρχείο, τρεις οικισμοί, ένα πολύ εκτεταμένο ασύλητο ελίτ νεκροταφείο με διάρκεια ζωής περίπου 1.100 ετών και ένα βυζαντινό νεκροταφείο. Το ανάκτορο του Πετρά κτίστηκε γύρω στο 1900 π.Χ. και αποτελούσε διοικητικό, εμπορικό και θρησκευτικό κέντρο της ενδοχώρας του κόλπου της Σητείας. Από αυτό εξαρτιόταν μεγάλη ομάδα τεχνιτών που παρήγαν κεραμική, κοσμήματα από μέταλλο και ημιπολύτιμους λίθους, λίθινα αγγεία, σφραγιδόλιθους, μετάλλινα και υφαντά.