Σημαντικό ρόλο στην απομάκρυνση της πειρατείας από το Αιγαίο έπαιξε ένας άνθρωπος, ο οποίος στην νεαρή του ηλικία είχε αναπτύξει πειρατική δράση.
Ήταν ο ναύαρχος Ανδρέας Μιαούλης, ο οποίος, μετά την τεράστια προσφορά του στον αγώνα στράφηκε στην πολιτική. Ο Καποδίστριας ήξερε ότι ήταν το κατάλληλο πρόσωπο για να πατάξει την πειρατεία στις ελληνικές θάλασσες. Αλλά και ο Μιαούλης κατάλαβε γρήγορα ότι η Ελλάδα πρέπει να γίνει ένα σύγχρονο ευρωπαϊκό κράτος. Ως ναύαρχος πλέον του νεοσύστατου κράτους ανέλαβε να αποκαταστήσει την τάξη στο Αιγαίο.
Στις 23 Ιανουαρίου 1828, ο κυβερνήτης έδωσε τη διαταγή στον ναύαρχο Μιαούλη και τον πλοίαρχο Κριεζή να αποκαταστήσουν την τάξη στο Αιγαίο.
Η εκκαθάριση ξεκίνησε από τις Βόρειες Σποράδες.
Ο Μιαούλης έκανε την αρχή από την Σκόπελο, όπου πυρπόλησε περίπου 27 πλοιάρια, τα οποία ήταν