Το ανάκτορο της Κνωσού, το μεγαλύτερο από τα ανάκτορα της Κρήτης, και η πόλη που αναπτύχθηκε γύρω του είναι κτισμένα στην κορυφή και τις πλαγιές του χαμηλού λόφου της Κεφάλας, στη συμβολή του ποταμού Καίρατου και του μικρού ρέματος της «Βλυχιάς». Η ασφάλεια, η εύφορη γη, το νερό και η μικρή απόσταση από τη θάλασσα ήταν οι κύριοι λόγοι όχι μόνο επιλογής της θέσης ως χώρου εγκατάστασης ήδη από τους απώτατους προϊστορικούς χρόνους αλλά και της ευημερίας και της ανάπτυξης που γνώρισε.
Τα πρώτα ίχνη κατοίκησης του χώρου ανάγονται στη Νεολιθική περίοδο όπου φαίνεται ότι υπήρχε εκτεταμένος οικισμός, τμήματα του οποίου έχουν εντοπισθεί στη «Δυτική» και «Κεντρική αυλή». Στη «Δυτική αυλή» έχουν επίσης ανασκαφεί τμήματα προανακτορικών οικιών.


